La Tenuta racchiude al suo interno un eco-mosaico di bosco, cespuglieti, brughiere, gariga, praterie, incolti e frutteti che favorisce la presenza di una comunità ricca di fauna e flora con specie rare e d'interesse conservazionistico. La precisa composizione delle comunità animali e vegetali è stata oggetto di un'indagine preliminare in primavera-estate 2008, che ha fornito le indicazioni di base per la programmazione di interventi di miglioramento ambientale, di salvaguardia di specie e habitat e per la tutela di zone interessate dalla presenza di entità particolarmente protette o sensibili.
I risultati dei censimenti preliminari indicano la presenza di un buon numero di entità floristiche e faunistiche: almeno 200 specie di piante spontanee, 45 specie di uccelli, 12 specie di mammiferi, 8 specie di anfibi e rettili e più di 20 specie di farfalle. Tra le specie sono presenti numerose entità di interesse conservazionistico (picchio verde, airone guardabuoi, pipistrello ferro di cavallo, orchidee del genere Serapias ecc.), la maggior parte delle quali è in grado di trarre vantaggio dal mosaico di ambienti attualmente presente. La presenza di alcune specie è invece strettamente legata a un tipo ambientale specifico: lo stagno gioca un ruolo fondamentale per gli anfibi (tritone punteggiato, rana verde e rana dalmatina), che almeno durante il periodo riproduttivo, tra fine inverno e estate, dipendono da questo ambiente. Legata invece a piccole zone di impluvio o di stillicidio d'acqua è la felce florida, protetta e elencata tra le specie importanti della ZPS Monte Pisano. Si tratta di una specie le cui origini risalgono a molti milioni di anni fa e ad oggi può essere considerata un relitto della flora europea del Terziario. Preziosa anche la presenza dei pipistrelli ferro di cavallo, delle rondini (per le quali è previsto un progetto specifico di conservazione) e del barbagianni, che usufruiscono di rifugi nelle case abbandonate o nelle soffitte di case utilizzate.
Le rondini sono uccelli molto fedeli e ogni anno a primavera, puntuali, tornano da noi per costruire i loro nidi di fango e riprodursi occupando sempre gli stessi luoghi.
All'interno della Tenuta dello Scompiglio esiste una colonia di rondini che nidificava negli edifici una volta abbandonati. Nella primavera 2007 è iniziato un progetto per la conservazione di siti idonei alla nidificazione e per la compensazione dell'impatto che inevitabilmente i lavori di ristrutturazione degli spazi avrebbe comportato.
Si è proceduto quindi alla chiusura degli spazi che sarebbero stati sottoposti a lavori nel periodo di presenza delle rondini e si è provveduto al posizionamento di nidi artificiali in postazioni sicure. Il progetto di conservazione dei siti di nidificazione è ancora in atto e prevede, a lavori ultimati, la predisposizione di spazi in grado di accogliere le rondini anche in futuro, quando le strutture da loro un tempo occupate saranno utilizzate dagli uomini. Le rondini non sono spaventate dall'uomo con il quale hanno imparato a convivere, infatti anche in presenza di persone entrano da piccole aperture e cominciano a costruire i loro nidi di fango preferibilmente attaccati alle pareti interne degli edifici.
La Collina dell'Uccelliera, in passato coltivata ad oliveto e vigneto, è stata sottoposta recentemente a interventi di taglio e eradicazione locale dello strato arbustivo (soprattutto rovo) e piante e alberi malati allo scopo di valorizzare l'aspetto ambientale e paesaggistico dell'area. Il terreno delle parti ripulite è attualmente privo di vegetazione, dando l'opportunità di monitorare lo sviluppo e l'evoluzione delle entità floristiche e faunistiche nel corso dei prossimi mesi e anni. Il monitoraggio permetterà di pianificare ulteriori interventi e miglioramenti ambientali locali, valorizzando al tempo stesso gli aspetti legati alla fruizione dell'area. Per osservare gli effetti degli interventi sullo sviluppo della flora e fauna è auspicabile un monitoraggio della durata minima di tre anni.
"Si prevede di continuare il monitoraggio faunistico e della vegetazione focalizzando l'attenzione sulla collina dell'Uccelliera dove è stata realizzata la pulizia dai rovi che un tempo ricoprivano tutto il terrazzamento. Lo scopo principale è quello di documentare come questo cambiamento influenzi le comunità animali e vegetali."
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